Un autre groupe, écrivant dans Le New England Journal of Medicine plus tôt ce mois-ci, a détaillé la trajectoire du virus chez un homme de 45 ans atteint d’une maladie auto-immune pour laquelle il recevait des immunosuppresseurs. Dans ce cas, ils ont découvert qu’il y avait une évolution «accélérée» du virus chez l’individu et que bon nombre des mutations étaient dans la protéine de pointe. La plupart des personnes immunodéprimées éliminent les infections par le SRAS-CoV-2 sans complications majeures, ont-ils écrit, mais «ce cas met en évidence le potentiel d’infection persistante et d’évolution virale accélérée associée à un état immunodéprimé».

Le même phénomène a été observé dans d’autres conditions où le système immunitaire est entravé. Le VIH attaque la fonction immunitaire, ce qui lui permet d’évoluer à un rythme étonnamment élevé, ce qui rend encore plus difficile pour le corps de continuer à produire des anticorps qui se lient et neutralisent le virus. Par le même mécanisme, les infections à VIH permettent à d’autres virus chez l’individu de durer plus longtemps et de se transformer. Le virus de l’herpès simplex peut développer une pharmacorésistance inhabituelle chez les patients atteints du SIDA, par exemple.

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Néanmoins, nous devons mieux comprendre exactement quels patients immunodéprimés sont les plus vulnérables à une infection de longue durée par le SRAS-CoV-2. La catégorie des «immunodéprimés» englobe un si large éventail de conditions différentes, et elles peuvent ne pas toutes conférer le même risque de Covid-19 persistant. Brian Wasik, virologue à l’Université Cornell, souligne que le terme peut inclure les personnes nées avec des maladies rares qui diminuent leur capacité à lutter contre les agents pathogènes, ainsi que celles qui prennent des immunosuppresseurs pour permettre une greffe ou calmer une maladie auto-immune.

Les preuves des liens entre les individus immunodéprimés et les infections persistantes au SRAS-CoV-2, et entre les infections persistantes et l’évolution virale, sont suffisamment convaincantes pour être prises en compte dans les discussions sur la priorité des vaccins. Dimanche, un panel des Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis a recommandé que les personnes immunodéprimées soient placées dans la «Phase 1c» – la troisième vague – du déploiement du vaccin. Cela signifie qu’ils doivent recevoir les injections en même temps que ceux atteints de cancer, de maladie coronarienne ou d’obésité, entre autres conditions. Cette décision visait à remédier aux risques particuliers posés par Covid-19 aux personnes ayant des problèmes de système immunitaire, mais elle a laissé de côté la possibilité que la vaccination de ces personnes puisse aider à prévenir le développement de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 qui rendraient cette pandémie encore pire qu’il ne l’est déjà. Pour cette raison, même s’il n’y a qu’une poignée de rapports de cas directement pertinents, les responsables de la santé publique devraient consulter les virologues pour savoir s’il serait sage de transférer les personnes immunodéprimées dans le groupe de phase 1b antérieur.

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À tout le moins, nous avons besoin d’une meilleure surveillance des changements potentiels du SRAS-CoV-2. Le gouvernement américain devrait faire plus pour aider à organiser les efforts de séquençage viral. Le CDC a un programme surnommé Spheres qui a tenté de capturer des données de séquence pendant la pandémie, mais il échoue: là où le Royaume-Uni a séquencé environ 10% de ses cas de Covid-19, les États-Unis n’ont géré que 0,3%. «C’est un peu irrégulier», déclare Adam Lauring de la faculté de médecine de l’Université du Michigan, qui ajoute que son équipe a téléchargé environ 2% des données sur les variantes de séquence aux États-Unis. «Il y a de vastes étendues du pays où il n’y a pas de gens qui consacrent beaucoup de temps et d’efforts» à cette tâche. Un meilleur suivi de l’évolution virale pourrait également aider à clarifier la question de savoir exactement où – dans quelles personnes malades – ces changements sont les plus susceptibles de s’accumuler.

Alors que nous surveillons les mutations du SRAS-CoV-2, nous devons reconnaître que la compréhension de leur importance épidémiologique et clinique nécessite des travaux supplémentaires. Pendant ce temps, le virus est toujours endémique, ce qui lui offre plus de possibilités de muter même s’il se propage d’une personne à l’autre. Mais les infections de longue durée chez certains individus immunodéprimés et le potentiel associé d’évolution virale doivent être au centre de l’attention.


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